Les enjeux des Fédérations Régionales se situent dans la mise en œuvre des orientations politiques et stratégiques de la FNCIDFF et d'une stratégie territoriale. De ce point de vue, les Fédérations Régionales sont actrices de projets régionaux sur tout ou partie du territoire, représentent les CIDFF de la région et font valoir leur rôle d'expertise. Les Fédérations Régionales coordonnent ces projets en s'attachant aux réalités sociales et économiques des bassins et en lien avec les politiques départementales. Elles déclinent sur les régions les orientations retenues par la FNCIDFF, ainsi que les conventions nationales de partenariat.
Le rôle des Fédérations Régionales s'articule autour de 5 fonctions complémentaires:
Les missions de la Fédération Régionale des CIDFF d'Auvergne-Rhône-Alpes : une structuration régionale stratégique.
Les neufs associations départementales ont travaillé à la définition d'un projet associatif stratégique (2014-2016) qui repose sur quatre lignes directrices fondamentales :